شروع تصفیه فاضلاب به زمان کشف باکتری و میکروب های بیماری زا و حدود ۱۰۰ سال پیش در ایران بر می گردد. با گذشت زمان و شیوع بیماری ها و نیاز به پاک بودن آب ها و گسترش شهرها و مراکز صنعتی، استفاده از سیستم تصفیه فاضلاب شهرت بیش تری پیدا کرد و جوامع را به سمت روش های مختلف تصفیه فاضلاب هدایت کرد.
روش های بسیاری در مورد تصفیه فاضلاب آزمایش و مورد بررسی قرار گرفت از جمله برکه های تثبیت، تصفیه فاضلاب به روش نهرگونه و آبشاری. در ایران با بررسی های انجام شده در سال حدود ۲/۵ میلیارد متر مکعب فاضلاب توسط روش های مختلف تصفیه فاضلاب، تصفیه شده و به چرخه کار باز می گردد.
در سال های اخیر از لجن تولیدی در فرایند تصفیه فاضلاب برای کودهای کشاورزی استفاده فراوانی می شد.