اساساً ویژگی فاضلاب بیمارستان ها مشابه فاضلاب شهری بوده و وجه تمایز آن وجود مواد سمی و عفونی در این نوع از فاضلاب بوده که به موجب آن ممکن است سلامت محیط، کارکنان شاغل در بخش بهداشت و کل جامعه در معرض خطر قرار گیرد.